ولد السيد حسين بدر الدين الحوثي، في شباط من عام 1960، في قرية الرويس في محافظة صعدة، ونشأ وتعلم لدى والده العلامة السيد بدر الدين أمير الدين الحوثي، الذي يعد من كبار علماء اليمن في القرن العشرين.

حاز إجازة في الدراسات الإسلامية من كلية الآداب في جامعة صنعاء مطلع التسعينيات، قبل أن يلتحق عام 1997 بجامعة أم درمان بالسودان لإكمال الدراسات العليا.

بعد قيام الوحدة بين شطري البلاد، وانفتاح الحياة السياسية أمام تشكيل أحزاب، أسهم في تأسيس حزب «الحق»، لكنه استقال منه في وقت لاحق.
دخل إلى البرلمان اليمني بعد انتخابات عام 1993، وأعلن رفض حرب النظام على الجنوب صيف 1994. بعد أحداث 11 أيلول 2001، تحرك لمواجهة الهجمة الأميركية، ودعا إلى رفع شعار «الصرخة» الشهير (الله أكبر ــ الموت لأميركا ــ الموت لإسرائيل ــ اللعنة على اليهود ــ النصر للإسلام) مطلع عام 2002.
في حزيران 2004، أعلن نظام علي عبد الله صالح واللواء الفار علي محسن الأحمر الحرب على السيد الحوثي ومناصريه. واستشهد في 10 أيلول 2004، على أيدي القوات اليمنية.
ظل جثمانه مُخفىً إلى عام 2013، حين أفرجت سلطات صنعاء حينها برئاسة الرئيس الفار عبد ربه منصور هادي، وجرى تشييعه في صعدة في موكب تشييع مهيب لم يشهد اليمن مثيلاً له.
وحتى مقام الشهيد لم يسلم من العدوان السعودي الحالي على اليمن، حيث استهدفت طائرات التحالف المقام في صعدة في بداية الحرب.