على الرغم من مشواره الكروي الباهت كلاعب، إلا أنّ هذا لم يمنع ابن لشبونة من فرض حضوره في عالم التدريب في كرة القدم. ظهر كمدرب ناجح بعد مسيرة عادية كمدافع في الدوري البرتغالي. فرناندو سانتوس ذو الـ 63 عاماً، لمع اسمه بعد تولّيه تدريب عمالقة الدوري البرتغالي الثلاث بورتو وسبورتينغ لشبونة وبنفيكا، وحصد لقب كأس أمم اوروبا مع منتخبين مختلفين. سانتوس الذي تخصص في دراسة هندسة الكهرباء والاتصالات، بدأ مسيرته ناشئاً مع نادي بنفيكا، ليكمل اللعب لناديي إستوريل وماريتمو ويعتزل عند بلوغه الثالثة والثلاثين. انطلق بعدها ليخوض غمار عالم التدريب، ويتولى الإشراف على كبار الـ«البريمييرا ليغا»، إضافةً إلى تجربته في الدوري اليوناني وتدريبه لأيك أثينا وباناثينايكوس وباوك سالونيكا اليونانية. وبعد النتائج السيئة التي حققها المدرب الألماني أوتو ريهاغل مع المنتخب اليوناني، مهمةٌ جديدةٌ كانت في انتظار سانتوس، إذ تسلَّم قيادة المنتخب اليوناني عام 2010، ليصل معه إلى الدور ربع النهائي من كأس أمم أوروبا 2012 والدور الثاني من كأس العالم 2014.

عاد المدرب البرتغالي إلى جذوره ليثبت جدارته مدرباً من بوابة منتخبه الوطني، وليشرف على تدريب «برازيل أوروبا» خريف عام 2014. وقد وقع اختيار الاتحاد البرتغالي على سانتوس ليخلف باولو بينتو الذي أقيل عقب الخسارة المفاجئة أمام المنتخب الألباني في افتتاح المشوار بتصفيات كأس أوروبا المقررة في فرنسا عام 2016.
رؤية المدرب البرتغالي وخططه المحكمة كانت كفيلةً برفع أداء الفريق في فترةٍ وجيزةٍ وتحسين مستوى اللاعبين. وعلى الرغم من أن طريقة اللعب كانت تتسم بضعف الطابع الجمالي، إلا أنّ فرناندو يفضل حصد الألقاب على تقديم كرة قدم ممتعة حسب وصفه. وقد تمكن بالفعل من تحقيق لقب بطولة أمم أوروبا لكرة القدم مع منتخب بلاده للمرة الأولى عام 2016، ليكون بذلك مهندس الكأس القارية الأولى للبرتغال في التاريخ.