في أول تصريح قضائي عن تأسيس تنظيم «فتح الإسلام» وهيكليته ودور زعيمه شاكر العبسي، ذكر النائب العام التمييزي القاضي سعيد ميرزا في مطالعته بقضية عين علقما قال إنه موجز لظهور التنظيم وتسلّم العبسي منصب الأمير فيه. وأورد ميرزا أن العبسي «بدأ حياته النضالية في صفوف حركة فتح، وتابع دورة تدريبية في ليبيا أهّلته لأن يصل إلى رتبة ضابط طيّار. عام 1983، وبدعم وتأييد من صديقه القريب جداً موسى العملة (أبو خالد العملة، نائب رئيس حركة فتح الانتفاضة والمقيم في سوريا)، انفصل شاكر العبسي عن حركة فتح والتحق بـ«فتح ــــ الانتفاضة»، وأقام في مخيم اليرموك في سوريا، هرباً من السلطات الأردنية التي كانت تلاحقه بسبب مسؤوليته عن اغتيال الموظف في برنامج المساعدات الأميركية، لورنس خولي، في عمان عام 2002.
أوقفت السلطات السورية العبسي في أيار 2004 مع عدد من الأشخاص، لأنه كان يحضّر لعمل مقاومة ضد إسرائيل عبر الجولان المحتل، وأطلق سراحه بعد نحو سنة بموجب عفو رئاسي، من دون تسليمه إلى السلطات القضائية الأردنية، مع أنه كان محكوماً من هذه السلطات بالإعدام.
تأكد أن العبسي لم يدخل لبنان عبر مراكز الحدود الشرعية، بل ثمة اقتناع كاف بأنه دخل، وفقاً لإفادة بعض أنصاره ومرافقيه، عبر المعابر غير الشرعية، مثل معبر بلدتي حلوى وقوسايا البقاعيتين وغيرهما.
ولقد تبيّن من إفادات المدّعى عليهم أن شاكر العبسي بدأ يستدعي رفاقه في فتح ــــ الانتفاضة من سوريا إلى مركز «صامد» في مخيم برج البراجنة، وكلما تجمع عدد منهم نقله إلى مخيم نهر البارد، إلى أن وصل عددهم إلى نحو 300 من المقاتلين المدرّبين على السلاح تدريباً جيداً، ويملكون خبرة عسكرية واسعة.
وبعدما استقر المقام بهؤلاء المقاتلين في مخيم نهر البارد، قام العبسي، بتأييد ودعم دائمين من صديقه أبو خالد العملة، بتاريخ 27/11/2006، بالانقلاب على تنظيم فتح ــــ الانتفاضة، وإنشاء تنظيم بديل منه، هو تنظيم «فتح الإسلام»، يهدف إلى إرباك الساحة اللبنانية عبر التخريب والتفجير وخلق جو من الاقتتال الطائفي والمذهبي، ومناهضة الحكومة اللبنانية الحالية والأكثرية النيابية لأنها، بنظر مسؤولي التنظيم، تنفذ مشروع أميركا في لبنان، هذا إضافة إلى مناصبة قوات الطوارئ الدولية العاملة في جنوب لبنان العداء، لأن هذه القوات تحتل أراضي تخصّ المسلمين.
بعدما استتب الأمر للعبسي وسيطر على مراكز وأسلحة فتح ــــ الانتفاضة، وبعدما حدد أهداف تنظيمه الجديد، كان لا بد له من إنشاء جهاز قيادي لهذه الحركة يعاونه في تحقيق الأهداف، فجاء هذا الجهاز على الشكل التالي:
أبو مدين أو أبو مؤيد نائباً أول له، أبو الليث (وهو زوج ابنة شاكر العبسي) نائباً ثانياً له، أبو فراس مسؤولاً مالياً، أبو بكر مسؤولاً شرعياً، صالح علي عمر المقدع المهندي (وهو سعودي التابعية) مسؤولاً عن استقدام العناصر من السعودية وتأمين انتقالهم، سواء من السعودية أو من الفنادق اللبنانية، إلى نهر البارد، عزام نهار مسؤولاً عسكرياً، أبو خالد المصري مسؤولاً إعلامياً، أبو محمد مسؤولاً عن التدريب، أبو هريرة مسؤولاً تنظيمياً، مجد الدين عبد الحي عبود (أبو يزن) مسؤولاً عن العمل الخارجي وعمليات التمويل الداخلي من خلال عمليات السطو على المصارف (كان المخطط الرئيسي لعملية تفجير عين علق)، عمر نصر الحجي مسؤولاً عن أعمال التفجير باعتباره خبيراً بالمتفجرات من الطراز الأول (وهو أحد واضعي المتفجرة في الحافلة الثانية في عين علق، على ما سيتبيّن لاحقاً).
وقسّم التنظيم إلى قسمين: قسم داخلي لا يعرف عناصره ما يدور في الخارج من سرقات وتفجيرات وعمليات خطف وطلب فدية، وقسم خارجي برئاسة «أبو يزن» الذي يتبع تسلسلاً إلى أبو مدين، ويتولى أبو يزن وضع المخططات الإرهابية وينفذها مع مساعديه».